Гарантийные фонды входят в Национальную гарантийную систему России. Созданы органами исполнительной власти субъекта Федерации, финансируются из бюджетов субъекта Федерации и федерального бюджета и предоставляют поручительства на территории того субъекта Федерации, где они созданы.
Гарантийные фонды входят в перечень организаций инфраструктуры поддержки Малого и Среднего предпринимательства и работают на основную задачу Банка - обеспечение доступности кредитных ресурсов.
Общее руководство деятельностью гарантийных фондов в России осуществляет Министерство экономического развития Российской Федерации.